Ubuntu+python将nii图像保存成png格式
作者：无宠不惊过一生 发布时间：2022-05-11 10:04:51
标签：python,nii,png
这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。
这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法：
https://www.jb51.net/article/165692.htm
系统：Ubuntu 16.04
软件： python 3.5
先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。
import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os
def read_niifile(niifile): #读取niifile文件
img = nib.load(niifile) #下载niifile文件（其实是提取文件）
img_fdata = img.get_fdata() #获取niifile数据
return img_fdata
def save_fig(file): #保存为图片
fdata = read_niifile(file) #调用上面的函数，获得数据
(x,y,z) = fdata.shape #获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量）
for k in range(z):
silce = fdata[k,:,:] #三个位置表示三个不同角度的切片
imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)
#将切片信息保存为png格式
dir = './.nii' #nii的路径
savepicdir = '' #保存png的路径
os.mkdir(savepicdir) #创建文件夹
save_fig(dir) #运行程序，保存为图像
不要忘记返回img_fdata，否则下一个文件会报错。
来源：https://blog.csdn.net/weixin_43330946/article/details/89501865
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